本館秉持科學學習中心的精神，希冀協助教師提升專業知能，進而改善科學與科技課程教學成效，因此對教室場域有著更深切的期許。我們藉由整合與升級既有教學空間、設施與資源，使各空間的設備更符合專業教學需求，並凸顯博物館教育優勢與特色。更重要的是，升級後的科學教室，能豐富科學與科技教學內容與方式，提高學生學習興趣，藉此厚植科學素養，透過｢體驗科學，科學體驗｣，達到本館｢人人都是科學人｣的目標。
行政中心
科學學習中心之行政中心設於本館2樓｢科技教育組｣辦公室，為本中心規劃辦理各式科教課程活動之中樞，主要業務為：科技教育研究與合作交流，教材教具之研發、推廣及活動之規劃、執行等事項。
3樓暨5樓科學教室
本中心兩間多功能專業科學教室分別位於3樓與5樓，配有專業數位講桌、投影機等多媒體教學設備，為適合一般科普推廣之優良教學環境。主要辦理課程與活動包括：科學動手做、科普講座、電影欣賞等等，深獲學員與家長肯定。3樓科學教室可容納70位學員；5樓科學教室則可容納50位學員。
水資源教室
「水資源教室」位於本館4樓，為一專業之化學教室，配有化學實驗各項設備及器材（pH計、濁度計、透視度計、溶氧檢測儀、分貝計、恆溫水浴槽、滴定設備等）。主要辦理課程與活動包括：環保科技研習班、化學研習營、水質檢測與各式實驗活動，獲得學員、家長與合作教師高度肯定。本教室共可容納50位學員。
生物科技實驗室
「生物科技實驗室」位於本館4樓，為專業生物科技實驗教室，配置各式顯微設備（原子力顯微鏡、倒立式顯微鏡、解剖及各類數位光學顯微鏡）及生物課程教材模型、植物組織培養、微生物及遺傳工程等實驗設備。主要辦理課程與活動包括：奈米科技教師及產學人才培訓、生物推廣課程、實驗競賽等活動，皆得到合作單位高度肯定。本教室共可容納90位學員。